シン・アスカは地球連合軍のオーブ侵攻に巻き込まれ、戦火を逃れる最中に目前で両親と妹を失ってしまう。頭上をこの戦争の元凶である「モビルスーツ」が飛び去り、失意のうちにオーブを去ったシンは・・

敵の増援として現れたオーブ艦隊に、動揺するアスラン。ダーダネルス海峡で、両軍はついに激突。シンとアスランが出撃し、ミネルバの陽電子砲・タンホイザーは、オーブの護衛艦群に照準を合わせるが・・

戦火のベルリンでキラの乗るフリーダムによってステラは非業の死を遂げる。「君を守る」という約束を守れなかった悔しさで、泣き叫び続けるシン。ようやく顔を上げた彼の目には、暗く固い決意の色が宿っていた・・

多大な犠牲を払って終戦を迎えた第ニ次ヤキン･ドゥーエ攻防戦。そんな中、戦争に巻き込まれ家族を失ったシン･アスカはザフトの戦士となっていた。

ユニウスセブンの破砕作業を行うジュール隊と、援護に駆けつけたミネルバのＭＳ隊はテロリストの襲撃を受ける。刻一刻と地球へ落下するユニウスセブンに対し、破砕作業は間に合うのか・・

地球軍はプラントへの開戦を通告し、進軍を開始。イザークやディアッカらのザクがそれらを迎え撃つが、実はその部隊は囮だった・・

キラの家をコーディネイターの特殊部隊が強襲する。彼らの目的はラクス・クラインを暗殺する事であった。キラやラクス達に迫るMSアッシュ部隊。キラはラクス達を守るためにフリーダムの封印を解き放つ。フリーダムに搭乗したキラの目には強い決意の光が・・

逃亡中のアークエンジェルはスカンジナビア王国に身を寄せていた。一方、ミネルバはマハムール基地に到着する。何のために、何故戦う？撃てるのは、それが正義と知るからか？戦場の裏にある真実とは？

休暇を与えられたミネルバのクルーたち一行。ぼんやりと海岸沿いを歩いていたシンは、崖から少女が落ちるのを目撃する・・この再会は何を意味しているのか？そして二人を待ち構えているＤＥＳＴＩＮＹ（運命）とは？

ミネルバは、調査中の施設へ向かっていた。施設内を調査したシンたちは、奇妙な実験機器の数々と、研究員らしき人々の死体を発見する。そこは、地球連合が強化人間を極秘開発していたラボだったのだ。子供たちが実験体として扱われていた事実を知ったシンは怒りに震える・・

シャトルを奪って地球を離れたラクス・クラインは、小惑星に隠されていた戦艦・エターナルと合流していた。この一件の報告を受けたプラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルは、あくまで彼女を偽者として捜査するよう指示する・・

ステラの件を心配してシンの部屋を訪ねたアスランは、フリーダムとの戦闘を想定したシミュレーション中のシンとレイを見てショックを受ける。現在最強のモビルスーツ・フリーダムと戦うこともあり得る以上、対策は必要である・・・シンとレイの主張は確かに正しく、それゆえにアスランを激しく苛立たせるのであった。

ジブラルタルを脱出したアスランを追跡するシンとレイ。シンは、突然のアスラン撃墜命令に戸惑っていた。レイは、そんなシンに檄を飛ばし、アスランとメイリンの乗るグフを追い詰めていく。戦いながらも、必死にシンを説得しようとするアスラン。しかしその言葉はレイに歪められ・・

オノゴロ沖では、デスティニーを食い止めようとカガリとムラサメ隊が奮戦。しかし、怒りに燃えるシンの攻撃が、アカツキのコクピットに迫る・・！そのとき、宇宙から帰還したキラのストライクフリーダムが、間一髪でカガリを救った。

レクイエムの第一中継地点であるフォーレに攻撃を仕掛けるザフト主力軍。一方、ミネルバは単身で基地の砲本体を攻略するよう命じられる。「人類存亡を賭けた最後の防衛策」デスティニープランの真実とは？